ifort + mkl + impi (全套intel)编译安装量子化学软件GAMESS 2022 R1版本

说明:linux下编译软件都需要先配置好该软件依赖的系统环境。系统环境可以通过软件的安装说明了解,例如:readme.md等文件或网页。这个前提条件很重要!后面正式编译出错基本都可以归结到系统环境配置不对!

获取软件:GAMESS 官网:,按提示通过邮箱申请获取,注意对邮箱后缀有限制,大概一到两天会有回复。

配置环境

配置的系统环境所需软件都从intel官网下载。

ifort :

下载软件:

运行:bash l_xxx.sh

按提示选择回车

配置环境变量:export PATH=$PATH:/home/t/intel/oneapi/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64

查看版本及测试ifort:ifort --ersion 输出了版本年号就说明安装完成。这个版本号在后面的配置编译时被需要。

mkl:

下载软件:

运行:bash l_xxx.sh

按提示选择回车

impi:

下载软件:

运行:bash l_xxx.sh

按提示选择回车

激活intel系统环境变量:

在intel/oneapi目录下,bash setvars.sh

安装编译GAMESS

解压 tar -zxf gamess-xx.tar.gz

进入 cd gamess

配置 ./config

按照提示操作,输入相应内容,然后按回车键!下面是需要输入的部分留意回车后的提示

输入名字:linux64(一般)回车

程序版本号:选择默认的00,则直接回车。可以自设版本号。

fortran选取:ifort 回车

ifort版本: 提前通过 ifort --version 获取,本文用的ifort是2021的,所以就填 21 回车

数学库选取:mkl 回车

mkl路径:如果intel环境变量已经激活这里会自动找到mkl的路径,直接回车就ok!如果没有激活则要手动输入mkl路径,再回车。建议提前激活好。

按提示输入:procced 回车

并行类型选择:sockets

后面提示安装其他库:可根据自己需要填入yes 或 no ,本文所装全部填的no

编译:参照解压后的文件夹下有一个README.MD文件

make ddi

make modules 加载模块

make -j 16 gamess -j参数可自设用于加速编译

完成以上操作就会在gamess文件下生成 gamess.00.x 文件

测试前准备:修改gamess文件下的rungms文件

创建文件夹:mkdir src 此文件用于存放gamess运行过程中的中间文件。非必要但建议创建!

修改三处,就在rungms文件的非注释部分的头部从第2到到第4行改为自己的gamess实际路径。

原:

set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess

改为:

set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess

注:xxx为自己安装的实际路径(通过pwd可查看!)

测试

在gamess文件夹下:./runall 00 此处一共测试48个例子。

如果执行了上面命令,马上就结束了,应该就是出错了!可以通过查看一个例子的运行记录,找到出错原因!如:cat exam01.log9(完整按以上步骤操作应该不会出错,但电脑环境不同也不一定!)

使用:gamess通过rungms这个脚本进行计算

可以将rungms加入到.bashrc中,如下:

在.bashrc中加入如下内容:

export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms

alias gamess='~/xxx/gamess/rungms'

然后 source .bashrc

使用时:GAMESS exam01.inp 00 2

使用时定位到rungms所在的目录(推荐):

~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2

其中:eaxm01.inp 是输入文件 ; 00是版本号,之前编译安装时输入的数字,默认就是00 ; 2 是并行核数

后记:

更多gamess使用,将会在后续更新。

引用转载请注明出处!

本文由@zhangY 创作于2022.09.05。

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