perl脚本输入参数（perl脚本参数的传递和使用）
perl 如何写参数(这个还没做啊)
#!/usr/bin/perl
use strict; use warnings;
use FileHandle;
my($file1, $file2, $file3, $length_standard, $file4, $file5)=@ARGV;? #assem.fa.fai evm.pep.NR.blast.tab.best.scaf.length? BUSCO/run_BUSCO/full_table_BUSCO.tsv 2000 scaffold scaffold_and_length
my $in1=FileHandle-new(" $file1");
my $in2=FileHandle-new(" $file2");
my $in3=FileHandle-new(" $file3");
my $out1=FileHandle-new(" $file4");
my $out2=FileHandle-new(" $file5");
my(%hash1, %hash2);
while($in1){
chomp;
my @arr1=split(" ", $_);
$hash1{$arr1[0]}=$arr1[1];
if($arr1[1]$length_standard){
$hash2{$arr1[0]}=$arr1[1];
}
}
while($in2){
chomp;
if($_!~/^#/){
my @arr2=split(" ", $_);
$hash2{$arr2[14]}=$arr2[15];
}
}
while($in3){
chomp;
if($_=~/^EOG/){
my @arr3=split(" ", $_);
if(@arr33){
$hash2{$arr3[2]}=$hash1{$arr3[2]};
}
}
}
foreach my $key (keys %hash2){
print $out1 "$key ";
print $out2 "$key $hash2{$key} ";
}
linux下 如何用perl脚本给程序传参(argv)
把执行perl脚本的指令放在反引号之间
http://192.168.110.72/003/test `perl -e 'print "A"x128'`
`这个符号在键盘tab的上边，1的左边
还可以放在$()中
http://192.168.110.72/003/test $(perl -e 'print "A"x128')
这个test是一个linux命令，最好不要用作程序名
perl oneline的参数解释
1、基本格式：perl -参数 ‘命令' 输入文件
2、 perl -e 为必须要写的参数
3、 perl -pe 可用于读取文件每行，并按照给定的命令进行处理，最后输出；如将文件1.txt中的aaa替换为AAA： perl -pe 's/aaa/AAA/g' 1.txt
4、 perl -l 参数几乎可以跟n搭配代替perl经常用的 while(){chomp;} 语法
5、如果需要处理tab/空分割的文件的每一行内容，那么 perl -alne 参数几乎可以说是必备的，例如 while(){chomp;@F=split /\s+/,$_;print "$F[0] "} 相当于: perl -alne 'print $F[0]'
6、perl单行命令脚本里的变量都不需要预先声明，如想打印出每空行，并且每行以行数开头: perl -``ne 'print ++$a." $_" if /http://192.168.110.72/003/'
7、perl单行命令有时优于sed/grep等shell命令是由于其优秀的正则匹配，通常简单的匹配可以如：匹配上的行号，模仿grep -c的功能： perl -lne '$a++ if /regex/; END {print $a+0}'
8、perl单行命令可以使用perl的模块，如使用sum函数的模块： perl -MList::Util=``sum -alne 'print sum @F'
9、perl也可以像awk一样使用END命令，如打印出文件中总单词个数
perl -alne '$t +=@F; END { print $t}'
10、perl也可以使用 map{} 等函数，如打印出匹配上的单词的总个数: perl -alne 'map { /regex/ $t++ } @F; END { print $t }'
11、perl单行命令可以说是将perl的简洁用到了极致，如打印出匹配上的行： perl -``ne '/regex/ print'
12、perl单行命令能像perl一样灵活的使用则正表达式: perl -``ne 'print if /^\d+$/'
使用perl来处理数据的我们，会一点Perl one line可以有效的减少编写重复命令的时间，尤其是那些就用1-2次就不会用的脚本，尤其在window系统下不方便使用shell命令的时候。
PS. 当然在windows系统下也可以借用git模拟Unix命令环境~~~~